Когда не помогали ни врачебные средства, ни заклинания, больной обращался к богам. Для этого нужно было посредничество жреца, особенно если больным был сам царь. По представлениям древних вавилонян, у каждого человека был свой бог-хранитель, который мог прогневаться на человека за его грехи и простить их после покаяния.
Благочестивого человека добрые духи окружали справа и слева, спереди и сзади. Подобно тому, как у каждого есть свой хранитель, есть и свой враг. Прогневавший бога и своего хранителя попадал в руки этого врага — «господина преследователя». Особенность вавилонской религии заключается в том, что в ней рано получило развитие представление о грехе как лежащей в самом человеке причине его бедствий и болезней. Сначала грехом считалось отклонение от религиозного ритуала (уклонение от жертвоприношения или обрядов, несоблюдение даже незначительных религиозных предписаний), но позже грехом стали называть преступления морального характера, которые могли оскорбить бога — стража правды и справедливости.
Клинописные тексты сохранили множество исповедей-заклинаний, призванных «изгладить» грехи царя, «успокоить сердце бога». После принесения жертв и совершения священных ритуалов жрец обращается к богам со словами о том, что царь «охвачен недугом... посещён тяжелой болезнью», для него «день — вздохи, ночь — слёзы, месяц — вопли, год — скорбь» и «жрец не разрешил его уз». Вот как звучит в исповеди-заклинании перечень грехов царя: «Не говорил ли он дурного? Не позволил ли он говорить неправды?... Не утеснил ли он слабого? Не поссорил ли он отца с сыном, сына с отцом?... Не был ли он честен языком, а сердцем лжив; не говорил ли устами «да», а сердцем «нет»? Не старался ли он во имя замышленной несправедливости преследовать и отвергать, уничтожать и губить правого, употреблять насилие, грабить, злодействовать?»
Многие подобные исповеди-заклинания содержат мотивы невинного страдания и слабости человека, невозможности избежать кары богов:
«...О, если бы я был уверен, что это угодно богу! Ибо что самому человеку кажется благоприятным, перед богом бывает мерзостью. Кто может понять совет богов на небе? Предначертания гэга — темнота, кто может уразуметь её? Как мы, люди, можем понять путь :ежий?... Я привязан к узкому болезненному ложу... мой дом стал для меня темницей... Целый день преследует меня гонитель и ночью не даёт мне вздохнуть... Жрец не понял моей болезни... Бог не помог мне, не взял моей руки... я ещё не ""мер, а уже обо мне стали плакать».
Заклинания играли большую роль в медицине Месопотамии, однако далеко не исчерпывали собой искусства врачевания, которое сформировалось к середине II тысячелетия до н.э. и включало в себя множество медицинских предписаний.