Существует также классификация антибиотиков по практическому применению: антибиотики основной группы и антибиотики группы резерва.
При использовании антибиотиков к ним может развиться устойчивость микроорганизмов и так называемая перекрестная устойчивость, относящаяся не только к применяемому препарату, но и к антибиотикам со сходной химической структурой. Для того чтобы избежать этого осложнения, следует подбирать оптимальные дозы и длительность введения антибиотиков. При возникновении устойчивости следует заменить препарат антибиотиком группы резерва.
Кроме возникновения устойчивости, возможно проявление и других осложнений при приеме антибиотиков.