В 1854 году к моменту окончания школы Петру было 17 лет. Невысокого роста, худощавый, черноволосый, с пристальным взглядом, порывистыми движениями, острый на язык, он не случайно получил прозвище Заноза. Чувствуя свою правоту, он охотно вступал в спор, с жаром отстаивал свои взгляды.
По-видимому, кратковременное пребывание в учениках аптекаря все же пробудило в Петре интерес к медицине и химии. После некоторого колебания он подает документы в Медико-хирургическую академию, и в 1856 году его зачисляют в число студентов. Поступление П. Ф. Лесгаф та в академию совпало с положительными изменениями в ее административном, научно-педагогическом и хозяйственном управлении. В начале 1857 года президентом академии был назначен П. А. Дубовицкий, человек прогрессивных демократических взглядов, деятельный, энергичный, волевой. Было расширено преподавание всех наук, внесены изменения в программы, привлечены к работе в академии молодые талантливые ученые, созданы новые кафедры, хорошо оснащенные учебными пособиями, развернулись интенсивные работы по строительству новых зданий и перестройке старых. Ближайшими помощниками и сподвижниками П. А. Дубовицкого были вице-президент И. Т. Глебов и ученый секретарь Н. Н. Зинин.
Во время учебы Петра Лесгафта в академии состав ее профессоров был одним из лучших: кафедры и клиники возглавляли такие знатоки своего предмета, как Я. А. Чистович (Чистович, Яков Алексеевич (1820-1885 гг), русский врач, историк русской медицины, с 1858 г. - проф. академии, в 1871 - 1874 - начальник академии), Н. Ф. Здекауер, Т. С. Иллинский, А. Я. Крассовский, В. Е. Экк, П. П. Заболоцкий-Десятовский, И. М. Балинский.
С конца третьего курса Петр неожиданно увлекся анатомией и отдался ей со всей страстью. Анатомия стала делом его жизни, его неизменной и верной спутницей. Впоследствии в медицинских кругах П. Ф. Лесгафта называли «поэтом анатомии», а его учителя, профессора В. Л. Грубера, «Пименом русской анатомической школы».
Венцеслав Леопольдович Грубер приехал в Россию из Праги весной 1847 года по личному приглашению Н.И. Пирогова, увидевшего в нем опытного, добросовестного прозектора, владеющего прекрасной анатомической техникой. Чех по национальности, говоривший на смеси немецкого, русского и латинского языков, он был грозой и любимцем многих поколений студентов академии. Целиком посвятивший себя изучению анатомии, он все дни проводил в наполненном удушающими миазмами помещении - препаровочной, разбираясь в многочисленных аномалиях, в открытии и описании которых он не знал себе равных в Европе. В «Автобиографических записках» И. М. Сеченов вспоминал: «Знал он одну анатомию, считал ее одним из китов, на котором стоит вселенная... Чувство долга и чувство справедливости было развито в Грубере до непостижимой для нас... степени». У Грубера, как и у Пирогова, был нелегкий характер. Они (Пирогов и Грубер) повздорили из-за пустяка и были в ссоре восемь лет.
В годы своего учения Петр Лесгафт еще не мог видеть определенную научную ограниченность В. Л. Грубера, находившегося в плену формально-описательной анатомии, господствовавшей тогда повсеместно и представлявшей собой типичный образец «мертвой» науки, требовавшей только изучения и запоминания строения и взаимного расположения множества анатомических образований.
Позднее П. Ф. Лесгафт решительно порвал с описательной анатомией и нашел выход из тупика фактологии в установлении тесной взаимосвязи между строением и функцией органов. Он стал основоположником функционального направления в анатомии. А пока Петр с похвальным упорством и редким прилежанием постигает технику препарирования и зубрит латинские названия мышц, костей и суставов.
Сдать экзамены Венцеславу Груберу считалось трудным делом. Многие приходили к нему по 10-15 раз, и значительная часть студентов ежегодно оставалась на второй год. Чтобы облегчить сдачу экзаменов, студенты литографическим способом отпечатали своеобразную шпаргалку на 32 страницах, получившую название «груберка». Без ее заучивания ни один студент не рискнул бы явиться на экзамен. Еще была книга, наводившая страх на студентов и в шутку прозванная ими «житие всех мучеников груберистики». В нее Грубер вносил отметки о сдаче анатомических препаратов, характере ответов, числе переэкзаменовок, пропусках занятий и ставил оценку за устный ответ.
Летом 1860 года в академии была открыта новая кафедра практической анатомии под руководством В. Л. Грубера. Петр Лесгафт вскоре стал одним из самых ревностных посетителей препаровочной. Скальпель и пинцет в его руках постепенно приобретали груберовскую смелость и ловкость. Это не осталось незамеченным Грубером, который стал привлекать Лесгафта к серьезным работам в качестве своего помощника: поручал ему приготовление учебных препаратов, доверял ассистировать при бальзамировании.
Сам Венцеслав Грубер говорил, что он предполагал предоставить Лесгафту штатное место, «удостоверившись в его способности быть прозектором еще в течение 1859-1860 гг....». В 1860 году за умело выполненную работу по бальзамированию тела императрицы Александры Федоровны студент 5-го курса Петр Лесгафт получил вознаграждение в размере 300 рублей. Эти деньги пришлись кстати. Поступив в академию, Петр ушел из родного дома, снял комнату недалеко от зданий клиник и зарабатывал на жизнь лишь случайными уроками. Жесткая экономия была его спутником в течение всех лет учебы.
Наконец курс медицинских наук был успешно преодолен. 10 июня 1861 года конференция Медико-хирургической академии после испытания признала лекаря Лесгафта достойным звания уездного врача. 18 июня состоялся торжественный акт, во время которого молодому врачу был вручен диплом на латинском языке об окончании им академии с серебряной медалью.
По окончании Медико-хирургической академии Петр Лесгафт был оставлен при ней и работал у В. Л. Грубера на кафедре практической анатомии прозектором. В конце 1861 года он выдержал экзамен на степень доктора медицины и хирургии. С этого же года Лесгафт стал преподавать анатомию и хирургию слушателям военно-фельдшерской школы. Одновременно он руководил практическими занятиями студентов второго курса и занимался с группой женщин-вольнослушательниц.
В марте 1863 года Петр Лесгафт получает должность сверхштатного ординатора в главном военно-сухопутном госпитале в клинике профессора А. А. Китера и одновременно читает лекции по анатомии студентам 5-го курса Медико-хирургической академии. 29 мая 1865 года П. Ф. Лесгафт блестяще защитил диссертацию на степень доктора медицины. «Диссертация его есть одна из лучших, которые когда-либо появлялись в Медико-хирургической академии», - писал Грубер. - Она основывается на огромном числе исследований и составлена с большой точностью и любовью к научной истине».
Через три года появляется статья Лесгафта «Колотомия в левой поясничной области с анатомической точки зрения». Его высокая анатомическая техника, несомненные преподавательские способности и появившиеся в печати первые научные труды обратили на себя внимание руководителей медицинского факультета Киевского университета, и он был приглашен туда на кафедру анатомии. К этому же времени был объявлен конкурс на должность заведующего кафедрой физиологической анатомии в Казанском университете. П.Ф. Лесгафт направляет туда требуемые документы, и 11 сентября 1868 года девятью голосами против одного совет университета избирает его экстраординарным профессором.
В Казанском университете профессор Лесгафт совершает неординарный поступок. Для помощи в приготовлении учебных препаратов и проведении практических занятий он вначале привлекал студентов старших курсов, но в сентябре 1870 года он добился официального прикрепления к кафедре ученицы повивального класса Евгении Мужсковой. Так, впервые в России женщина надела прозекторский фартук и встала рядом с мужчинами. Петру Францевичу принадлежит идея создания антропологического музея, который благодаря его стараниям стал быстро пополняться ценными экспонатами». Три года, проведенных Петром Францевичем в Казанском университете, оставили заметный след. «Один из самых ярких анатомов, каких производил свет» - так написала о нем в декабре 1870 года казанская газета «Неделя».
«Дело Лесгафта», вызвавшее большое волнение научной общественности России, совпало по времени с событиями, смертельно напугавшими царское правительство: в сентябре 1870 года во Франции началась революция, приведшая к падению империи и созданию республики. Началось оно на уже подготовленной почве неприязни к попечителю П. Д. Шестакову. Толчком же послужили экзамены, которые вместо профессора Лесгафта принял профессор патологической анатомии А. К. Петров. При разборе дела в совете университета выяснилось, что экзамены были проведены с нарушением требований, без препарирования трупа. Возмущенный этим обстоятельством, Петр Францевич написал письмо в газету, в которой вышла сенсационная статья «Что творится в Казанском университете». Так был вынесен сор из университетской избы на двор всей России. Скомпрометированный П. Д. Шестаков добился у царя увольнения профессора Лесгафта без, права преподавания.
Остро переживая вынужденный отрыв от научно-практической и преподавательской работы, Петр Францевич с неофициального разрешения Петербургского градоначальника П. А. Грессера открыл у себя на квартире бесплатное чтение лекций по анатомии, знаменитые «курсы Лесгафта», которые на протяжении всех последующих тридцати с лишним лет привлекали к себе сотни молодых умов.
К этому времени относится начало работы П. Ф. Лесгафта над теорией и практикой физического образования. Пожалуй, впервые он серьезно заинтересовался этими вопросами в 1872 году, когда поступил врачом-консультантом в частное врачебно-гимнастическое заведение доктора А. Г. Берглинда. Заведение это было одним из немногих, где на гимнастику смотрели как на отрасль врачебной науки и для правильного ее проведения считали необходимым знание анатомии и физиологии человека.
Доктор медицины А. Г. Берглинд получил образование в Стокгольме в Центральном гимнастическом институте. В 1848 году он прибыл в Петербург, где и остался, занявшись организацией занятий врачебной гимнастикой. Он считался опытным кинезотерапевтом, то есть врачом, который лечит движениями, и его врачебно-гимнастическое заведение пользовалось широкой популярностью. П. Ф. Лесгафт был знаком с двухтомным трудом Берглинда «Врачебная гимнастика по системе шведского гимназиарха Линга» - первый солидной работой такого плана, изданной в России в 1860 году. Надо полагать, что Петра Францевича привлекало стремление автора поставить преподавание гимнастики на научную основу, фундамент которой должны составлять анатомия и физиология. Увлеченный открывшейся возможностью использовать скрытые резервы гимнастики, сделать ее максимально полезной, особенно для детского и юношеского организма, профессор Лесгафт обратился в Главное управление военно-учебных заведений и предложил свои услуги. Его предложение было принято, и с декабря 1847 года он приступил к занятиям гимнастикой с воспитанниками 2-й Петербургской военной гимназии.
Убедившись в большом педагогическом мастерстве, с которым Лесгафт проводил занятия, в его увлеченности и энергии, директор гимназии предложил ему официально перейти из Медицинского департамента на постоянную службу при Главном управлении военно-учебных заведений. 15 марта 1875 года Медицинский департамент дал согласие на переход в качестве чиновника по особым поручениям. Первое такое «особое поручение» было уже согласовано с ним заранее и состояло в том, что в течение 1875-1876 годов с конца марта до конца октября П. Ф. Лесгафт ежегодно командировался за границу «... для подробного ознакомления с педагогической гимнастикой и с учреждениями для специального приготовления учителей этого искусства». В остальные месяцы Петр Францевич продолжал свои специальные занятия с отдельными группами воспитанников 2-й Петербургской военной гимназии по немецкой и шведской системам, а также по системе, предложенной им самим.
В это время в России была введена приват-доцентура, позволяющая желающим проявить свои научные познания и преподавательские способности и впоследствии иметь возможность занять штатное место профессора. Воспользовавшись этим обстоятельством и освободившись наконец от запрета преподавать, П. Ф. Лесгафт обратился к попечителю Петербургского учебного округа с просьбой разрешить ему читать лекции по анатомии в качестве приват-доцента.
Прошение было удовлетворено, и 24 сентября 1886 года Петр Францевич занял место за университетской кафедрой. Начался новый этап его преподавательской деятельности - десять лет работы в прославленном столичном университете на физико-математическом факультете, в состав которого входила и кафедра зоологии, анатомии и физиологии. По достоинству оценив значение открытия В. Рентгена, он одним из первых стал использовать новый метод - рентгенологическое исследование для изучения внутренних органов и суставов.
П. Ф. Лесгафт был одним из основоположников лечебной гимнастики в нашей стране. Многие приемы, применявшиеся им для коррекции врожденных и приобретенных дефектов развития костно-мышечной системы у детей, успешно используются и в настоящее время. Вместе с Ф. Ф. Эрисманом и А. П. Доброславиным он разработал основы школьной гигиены и участвовал в практическом внедрении их в некоторые учебные заведения Петербурга. Он принимал участие в создании кабинета гигиены, ставшего первым в России гигиеническим музеем.
Написанная П. Ф. Лесгафтом в 1870 году «Инструкция для измерения живого человека» была первым отечественным руководством по врачебному контролю, практическое обучение которому он проводил на открытых им учебно-гимнастических курсах. Созданная им Биологическая лаборатория явилась одним из первых в России научно-исследовательских институтов, в котором в советское время работали такие крупные ученые-академики, как Л. А. Орбели, А. А. Борисяк, В. Н. Любименко, В. А. Омелянский и др.
Труды Петра Францевича сыграли важную роль в развитии научных основ прогрессивной педагогики. «Руководство по физическому образованию детей школьного возраста» было первой фундаментальной работой, в которой физическое воспитание и образование строятся на научных основах с учетом анатомо-физиологических и психологических особенностей учащихся.
Велики заслуги профессора Лесгафта в деле женского медицинского образования, страстным защитником которого он был всю жизнь. Неоценима роль Петра Францевича в Деле развития физической культуры в нашей стране. После революции 1917 года на базе созданных и руководимых им курсов воспитательниц и руководительниц физического образования был открыт Государственный институт физического образования, ныне Государственный институт физической культуры им. П. Ф. Лесгафта. В 1959 году на территории института был сооружен памятник П. Ф. Лесгафту.
Осенью 1909 года Петр Францевич Лесгафт простудился и тяжело заболел. Болезнь дала осложнения на почки, и врачи настойчиво рекомендовали ему сухой жаркий климат и санаторное лечение. В Гелуани находился санаторий, которым руководили русские врачи. Туда и решили отвезти П. Ф. Лесгафта. К сожалению, болезнь зашла слишком далеко. 28 ноября 1909 года Петра Францевича не стало. Хоронили его в Петербурге при огромном стечении народа.
М.С. Шойфет, "Сто великих врачей"