− криптококкли менингит;
− кокцидиоидоз;
− инвазив кандидозлар;
− шиллиқ қаватлар кандидозлари, шу жумладан оғиз-ҳалқум кандидози ва қизилўнгач кандидози, кандидурия, тери ва шиллиқ қаватларнинг сурункали кандидози;
− маҳаллий даволаш самара бермаганида сурункали атрофик кандидозни (тиш протезларидан фойдаланишдан келиб чиққан кандидоз) даволашда қўлланилади.
Катталарда қуйидаги каби касалликларни:
− ривожланиши хавфи юқори бўлган пациентларда криптококкли менингитни қайталанишини;
− ОИТВ бўлган пациентларда ривожланиши хавфи юқори бўлган оғиз-ҳалқум кандидози ва қизилўнгач кандидозини қайталанишини;
− узоқ муддатли нейтропенияли пациентларда (масалан, кимё терапиясини қабул қилаётган қон хавфли касалликлари бўлган пациентларда ёки пациентларда гемопоэтик ўзак ҳужайраларни трансплантацияси ўтказилаётганда) кандидозли инфекцияларни олдини олишда қўлланилади.
Флуконазол болаларга шиллиқ қаватлар кандидозларини (оғиз-ҳалқум кандидозини, қизилўнгач кандидозини), инвазив кандидозларни, криптококкли менингитни даволаш ва иммунитети пасайган пациентларда кандидозли инфекцияларни олдини олиш учун болаларга туғилишидан бошлаб буюрилади. Препаратни болаларда ривожланиши хавфи юқори бўлган криптококкли менингитни қайталанишини олдини олиш учун самарани бир маромда ушлаб турувчи даволаш сифатида қўллаш мумкин. Флуконазол препарати билан даволашни культурал ва бошқа лаборатория таҳлиллари натижалари олинишига қадар бошлаш мумкин; натижалар олинганидан кейин антибактериал даволашга мос равишда тузатиш киритиш лозим.