Кенг таъсир доирасига эга бўлган микробларга қарши восита, фторхинолон ҳосиласи, бактериал ДНК-гиразани сусайтиради (ядро РНКси атрофида хромосома ДНКсининг суперспирилизацияси жараёнига масъул бўлган II ва IV топоизомеразани, бу генетик ахборотни ўқиш учун керак), ДНК синтезини, бактерияларнинг ўсишини ва бўлинишини бузади, яққол морфологик ўзгаришларни (шу жумладан, ҳужайра девори ва мембраналарининг) ва бактериал ҳужайранинг тез ўлимини чақиради. Грамманфий бактерияларга тинч даврида ва бўлиниш даврида (чунки нафақат ДНК-гиразага таъсир қилади, ҳужайра деворининг лизисини ҳам чақиради), граммусбат микроорганизмларга – фақат бўлиниш даврида бактерицид таъсир кўрсатади. Макроорганизм учун кам заҳарлилиги ҳужайраларида ДНК-гираза йўқлиги билан аниқланади. Ципрофлоксацинни қабул қилиш фонида гираза ингибиторлари гуруҳига мансуб бўлмаган бошқа антибиотикларга чидамлиликни параллел ишлаб чиқарилиши юз бермайди, бу уни аминогликозидлар, пенициллинлар, цефалоспоринлар, тетрациклинлар ва кўпчилик бошқа антибиотикларга чидамли бўлган бактерияларга нисбатан юқори самарали қилади. Ципрофлоксацинга грамманфий аэроб бактериялар: энтеробактериялар (Escherichia coli, Salmonella spp., Shigella spp., Citrobacter spp., Klebsiella spp., Enterobacter spp., Proteus mirabilis, Proteus vulgaris, Serratia marcescens, Hafnia alvei, Edwardsiella tarda, Providencia spp., Morganella morganii, Vibrio spp., Yersinia spp.), бошқа грамманфий бактериялар (Haemophilus spp., Pseudomonas aeruginosa, Moraxella catarrhalis, Aeromonas spp., Pasteurella multocida, Plesiomonas shigelloides, Campylobacter jejuni, Neisseria spp.), баъзи ҳужайра ички қўзғатувчилари – Legionella pneumophila, Brucella spp., Chlamydia trachomatis, Listeria monocytogenes, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium kansasii, Corynebacterium diphtheriae; граммусбат аэроб бактериялар: Staphylococcus spp. (Staphylococcus aureus, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus saprophyticus), Streptococcus spp. (Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae) сезгир. Метициллинга чидамли кўпчилик стафилококклар, ципрофлоксацинга ҳам чидамли. Streptococcus pheumoniae, Enterococcus faecalis, Mycobacterium avium – intracellulare – бактерияларининг сезгирлиги ўртача (уларни бостириш учун юқори концентрациялари талаб қилинади). Препаратга чидамли микроорганизмлар: Bacteroides fragilis, Pseudomonas cepacia, Pseudomonas maltophilia, Ureaplasma urealyticum. Treponema pallidum га нисбатан самарасиз. Чидамлилик жуда секин ривожланади, сабаби, бир томондан ципрофлоксациннинг таъсиридан кейин амалда доимий давом этувчи микроорганизмлар қолмайди, иккинчидан бактериал ҳужайраларда уни фаолсизлантирувчи ферментлар бўлмайди.
